В 1940 году было принято решение о перевозке панорамы в Ленинград для проведения технической реставрации. Но, по невыясненной пока причине, панорама осталась в Москве.
Тем не менее, о панораме не забыли. Весной 1941 года картину перевезли в склад на Хорошевском шоссе и впервые с 1918 года развернули. Тщательно осмотрев картину, комиссия под руководством И.Э. Грабаря пришла к неутешительному выводу: панораму невозможно восстановить в целом.
Входивший в состав комиссии Грабаря Михаил Федорович Иванов-Чуронов вспоминал: «Одновременно с очень детальным осмотром холста производилось его фотографирование по частям для последующего изготовления дефектных фотокартограмм.
Развертывая полотно, мы через каждый метр отбивали шнуром (по горизонтали и вертикали) клетки; на такие же клетки в соответствующем масштабе были разделены и фотографии полотна, на которых предстояло отметить все его дефекты.
Во время этого осмотра произошло событие, вызвавшее у нас немалую тревогу. Холст перекатывался со старого, сломанного вала на новый. Когда полотно было перекатано всего лишь на 35 пог. м (т.е. менее чем на одну треть длины), новый вал сломался. А ведь нам предстояло, завершив осмотр, перекатать холст обратно.
Срочно был изготовлен еще один вал. Чтобы проверить его надежность, мы подвесили к нему почти 5 т груза. «Экзамен» продолжался шесть суток и был выдержан. Теперь мы уже могли уверенно перекатать полотно и, закончив составление фотокартограмм, подвести печальные итоги.
Оказалось, что живопись неба пропала полностью, а из 115 м нижней, батальной части холста сохранилось лишь 107,8 м. Безнадежно погибли наружные витки, на которых был изображен бой у деревни Семеновской. На сохранившейся части холста красочный слой был сильно поврежден многочисленными изломами, потертостями, большими разрывами.
Под председательством И.Э. Грабаря собралась комиссия, в которую входили художники П.Д. Корин, Н.Г. Котов и художники-реставраторы во главе с Е.В. Кудрявцевым. Некоторые члены комиссии считали, что восстановление полотна практически невозможно. Другие полагали, что реставрация панорамы в принципе возможна, но провести ее следует на специальном столе (длиной 20-30 и шириной 15 м), имеющем все те изгибы, которые естественно приобретает полотно, когда находится в навешенном состоянии. Но план этот показался столь громоздким и ненадежным, что не получил поддержки. Комиссия пришла к выводу о невозможности восстановления панорамы в целом. Говорилось о том, что можно лишь расчленить огромный холст по швам на отдельные фрагменты и дублировать его этими отдельными фрагментами».
Вскоре началась война…